Dans cette saison, Nathan survivra dans l'accident mais Rachel essaie de le séduire en vain car il aime Haley. Haley est enceinte de Nathan, qui est un peu sous le choc. Cepdant, Naley restera fort et surmontera bien sur encore cette épreuve.
Nathan empruntera de l'argent à Daunte, ce qui lui amène des ennuis. Après des multiples dérangements, Nathan ne veut plus être dans l'affaire de Daunte, mais ce dernier ne voulant pas lâcher l'affaire, demandera à Nathan de perdre le dernier match de Withey, en échange de cela Nathan n'aura plus de dettes envers Daunte mais il va tout de même menés les Ravens à la victoire.
Daunte, voulant se venger, provoque un accident dans lequel la victime sera Haley. Fou de rage, Nathan frappera Daunte jusqu'à ce que Dan l'arrête et il se rendra alors compte que Daunte est mort, il apprendra plus tard qu'il était déjà mort bien avant qu'il ne l'est frappé. Haley se réveillera du coma peu de temps après l'accident, et n'aura pas perdu le bébé! Plus tard elle apprendra par l'intermédiaire d'une cassette que Nathan et Brooke ont couchés ensemble dans le passé, blessée et furieuse elle demandera à Nathan une liste de toutes ses anciennes conquêtes. Il fera deux listes une avec toutes ses conquêtes et l'autre sur les femmes dont il est tombé amoureux, une seule personne est sur cette liste et bien évidemment c'est Haley, elle acceptera ses excuses et acceptera même d'aller au bal avec lui.
Toute la bande se retrouvera à Honey Grove pour porter secours à Micro et là bas Nathan et Haley auront droit à un deuxième bal qui sera bien meilleur que le précédent. Ilspasserons une très bonne soirée. Durant la remise des diplômes, et pendant son discourt Haley va ressentir ses premières contractions, une nouvelle aventure attend les deux tourtereaux. Haley accouchera alors de James Lucas Scott, Nathan sera aux anges. Quelques semaines plus tard le couple se retrouva dans une fête, et on apprend que le parrain et la marraine du dernier Scott sont Lucas et Brooke. Plus tard dans la soirée, Haley s'inquiète pour son fils demande à Nathan de la ramener, mais Deb s'occupe très bien de leur fils et elle leur demandera de retourner à la fête car ils auront tout le temps de s'occuper de leur enfant. Ils retournent donc auprès de leurs amis, à la fin de la soirée toute la bande se retrouvera sur le terrain de basket là où tout à commencer, Haley jouera contre Nathan et elle lui fait une promesse de lui faire ce qu'il veut si il lui laisse le ballon, Nathan lui cède le ballon sans plus attendre, et elle réussira même à mettre quelques paniers, sous le regard amoureux de Nathan...
